研究表明，反式脂肪跟普通脂肪的代谢途径是一样的，没有发现反式脂肪在婴幼儿、儿童、青少年和成人体内的代谢途径有何不同。脂肪酸机构有部分研究表明，反式脂肪会干扰其他必需脂肪酸的代谢。但是欧盟认为，只要必需脂肪酸的摄入量适宜就不会受到影响。台湾脂肪酸关于反式脂肪酸和肥胖、癌症、糖尿病、生长发育、生殖健康、阿尔茨海默病、抑郁、暴力倾向等健康效应的关系，目前学术界尚无定论。比较明确的是它和心血管疾病的关联性。同时学界的共识是，反式脂肪酸不是人体必需的脂肪酸，对健康有明显的潜在危害。

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