称取2g粉样于10mL离心管中，加入5mL CTAB裂解液(含适量RNA酶)，混匀60℃水浴振荡保温1h；2000r／min离心5min；取上清液，加等体积三氯甲烷一异戊醇(24：1)混匀，静置5min，8000r／min离心5min；小心取离心上清液，再加等体积三氯甲烷一异戊醇 (24：1)混匀，静置5min，8000r／min离心5min；取离心上清液加0.65倍体积的异丙醇。 混匀，12000r／min 4℃离心5min；弃上清液，加500μL 70％冰乙醇洗涤一次，12000r/min4℃离心5min；弃上清液，将沉淀晾干，加入50μL TE，溶解沉淀(4℃过夜，或37℃保温1h)；此即为总DNA提取液。也可用相应的市售DNA提取试剂盒提取DNA。

    2．PCR定性检测

    (1)PCR反应体系。检测转基因玉米中内源基因和外源基因的PCR反应体系。

    每个反应体系应设置两个平行反应。以转基因玉米或已知相应阳性质粒作为阳性对照，非转基因玉米作为阴性对照，以水代替模板DNA作为空白对照。

    (2)PCR反应循环参数  94℃预变性2min，94℃变性40s，55～58℃退火60s(具体退火温度详见11-10)，72℃延伸60s，35个循环。72℃延伸5min。4℃保存。也可根据不同的基因扩增仪对PCR反应循环参数做适当调整。

    (3)PCR扩增产物电泳检测。用电泳缓冲液(1×TBE或TAE)制备2％琼脂糖凝胶(其中在55～60℃加入EB或其他染色剂至终浓度为0.5μg/μL，也可在电泳后进行染色)。将10～15μL PCR扩增产物分别和2μL上样缓冲液混合，进行点样。氨基酸检测机构用100bp梯带DNA标记物(Ladder DNA Marker)或相应合适的DNA标记物(DNA Marker)作分子量标记。3～5V／cm恒压，电泳20～40min。凝胶成像仪观察并分析记录。

    (4)结果判断

    ①内源基因的检测用针对玉米内源的IVR基因(或Zein基因)设计的引物对玉米DNA提取液进行PCR测试，阴性对照、阳性对照和待测样品均应被扩增出226bp(或173bp)的PCR产物。如未见有该PCR产物扩增，则说明DNA提取质量有问题，或DNA提取液中有抑制PCR反应的因子存在，应重新提取DNA，直到扩增出该PCR产物。

    ②外源基因的检测对玉米样品DNA提取液进行外源基因的PCR测试，如果阴性对照和空白对照未出现扩增条带，阳性对照和待测样品均出现预期大小的扩增条带扩增片段长度，则可初步判定待测样品中含有可疑的该外源基因，应进一步进行确证试验，依据确证试验的结果做报告；如果待测样品中未出现PCR扩增产物，则可断定待测样品中不含有该外源基因。

    ③氨基酸检测机构筛选检测和鉴定检测的选择，对玉米样品中转基因成分的检测，可先筛选检测CaMV35S、NOS、NPT、PAT、BAR基因，筛选检测结果阴性则直接报告结果。

    若筛选检测结果阳性，则需进一步鉴定检测IVS2／PAT、Maize genome／CaMV35S、HSP70/CryIAb、CDPK／CrylAb、CaMV 35S／PAT、PAT／CaMV 5S、CaMV 35S／Cry9C、Cry9C／CaMV35S、PactinI／mEPSPS、OTP／mEPSPS基因，以确定是何种转基因玉米品系。

    (5)确证试验样品检测为阳性结果时需要用实时荧光PCR来确证。